Dieses Werk ist jedoch nicht dafür vorgesehen, ein Rezept zur Herstellung des Steins der Weisen zu liefern, obwohl ein möglicher Weg aufgezeigt wird, sondern es geht vorrangig darum, den Ruf der Alchemie als Vorgänger der Chemie und Wegbereiter zur Entwicklung wissenschaftlicher Methoden wiederherzustellen. Die Alchemie soll durch die systematische Sammlung und Auswertung alchemistischer Daten als eigenständige Wissenschaft, in den Kreis akademischer Disziplinen zurückgeholt werden. Zu diesem Zweck werden auch Erkenntnisse der modernen Wissenschaften (Astronomie, Physik, Chemie, Biologie und Geologie) mit herangezogen. Alchemie und wissenschaftliche Exaktheit schließen sich einander keineswegs aus. Viele Alchemisten haben äußerst exakt gearbeitet. Moderne quantitative Methoden wie Messung und Wägung waren auch im Labor der Alchemisten gebräuchlich. Im Allgemeinen bewegt sich die Alchemie aber in einem Spannungsfeld von Religion und Wissenschaft, sodass auch religiöse Aspekte berührt werden. Neben einer theoretischen Komponente (geistige Alchemie) gab es einen praktischen Teil (materielle Alchemie), der den sorgfältigen Umgang mit den Destillations-, Extraktions- und Sublimationsapparaturen voraussetzte. Schon von Anbeginn mit religiösen Betrachtungen verbunden, bestand die Alchemie aus einem praktischen Teil und einer theoretischen religiösen Komponente, da es gleichzeitig immer auch um die Umwandlung des Menschen ging, Aus den alchemistischen Schriften geht hervor, dass es sich beim großen Werk neben der geistigen Entwicklung des Alchemisten um einen physischen Arbeitsvorgang handelte.

Der Prozess der Transmutation umfasste dabei den praktischen, naturwissenschaftlichen Aspekt der Alchemie. Der religiöse Aspekt hingegen umfasste die spirituelle Vervollkommnung des Alchemisten durch seine Arbeit.

Die Alchemie ist im Laufe ihrer Geschichte leider durch betrügerische Laboranten, Schwindler und Fantasten mit der Zeit so in Verruf gekommen, dass sie heute allgemein immer noch als Aberglaube, Täuschung oder Betrug abgetan wird. Vom Standpunkt der modernen Naturwissenschaften aus wird Alchemie als minderwertige Form der Naturerklärung behandelt: Sie sei angeblich keine rationelle Wissenschaft. Die alchemistische Literatur selbst war enttäuschenderweise auch nicht immer frei von inneren und äußeren Widersprüchen, was eine zweifelsfreie Deutung wesentlich erschwert. Im Verlauf der Jahrhunderte entwickelte sich das Magnum Opus zu einem unentwirrbaren Gemisch unterschiedlichster Anweisungen und Erfahrungen, die den praktischen Prozess immer unverständlicher werden ließen. Paracelsus geht bspw. über den klassischen Vierstufen-Prozess (Schwärze“ (nigredo) „Weißung“ (albedo), „Gelbung“ (citrinitas) „Rötung“ (rubedo)) hinaus und beschreibt unter anderem in seiner „De natura rerum“, gedruckt zu Straßburg 1584, den Prozess einer siebenstufigen Transmutation. Bei George Ripley (* um 1415 - † 1490) einem der bedeutendsten englischen Alchemisten sind es nach seinem „Liber duodecim portarum“, gedruckt im Theatrum Chemicum, bereits 12 Stufen zur Goldherstellung. Der Alchemist Michael Maier beschrieb sogar einen achtzehnstufigen Prozess.

Die Alchemisten mussten gegenüber Außenstehenden ein strenges Schweigegebot bezüglich ihres Wissens einhalten. Sie beriefen sich generell auf eine Ethik der Geheimhaltung und bedienten sich einer verschlüsselten Fachsprache, die für Uneingeweihte nicht verständlich war. Man verbarg die experimentellen Anweisungen hinter irreführenden, vieldeutigen Formulierungen und nur Eingeweihten verständlichen Chiffren und Symbolen. Auch um sich der Geldgier der Fürsten und der Engstirnigkeit der damaligen Kirchenvertreter zu entziehen, konnten die Alchemisten unter dieser Bedrohung ihr Wissen nie vollständig offen in Büchern mitteilen. Es lag ihnen daher schon immer nahe, ihre Botschaften zu verschlüsseln und diverse Geheimschriften, Codes und Symbole zu verwenden. Anfangs wurden viele Geheimnisse den vertrauenswürdigsten Schülern sogar nur mündlich anvertraut. Das Wissen um die Transmutation (Metallumwandlung) war außerdem nicht für die Allgemeinheit bestimmt, sondern nur für wenige Auserwählte, daher wurde es verschlüsselt weitergegeben. Dies macht es schwierig, die alchemistischen Texte zu verstehen und herauszufinden, was die Autoren tatsächlich wussten. Dabei sind die frühen alchemistischen Schriften in ihrer Ausdrucksweise noch verhältnismäßig verständlich, während die späteren immer unverständlicher wurden. Beweise für gelungene Metallumwandlungen sind aufgrund geschichtlicher Berichte und einwandfreier Zeugnisse jedoch genügend vorhanden.

Einer der Begründer der abendländischen Naturforschung, der englische Mathematiker und Philosoph Roger Bacon (*1214 - †1292/94) und überzeugter Anhänger der Alchemie, schreibt in seiner an Pabst Clemens IV gerichteten Begleitschrift Opus tertium (1266/1267) seines Opus maius über die Alchemie: "Wer Geheimnisse kundtut, mindert dadurch ihre Erhabenheit. Das Volk kann nichts damit anfangen und verkehrt nur alles ins Böse. Es ist Torheit, dem Esel Lattich zu geben, da er doch mit Disteln zufrieden ist. Ein Böser könnte mit diesem Wissen die ganze Welt in Verwirrung stürzen. Daher darf ich nicht diese Dinge so beschreiben, dass jeder Beliebige sie verstehe, denn dies wäre dem Willen Gottes und dem Zeugnis der Weisen zuwider."  Ein nicht zu unterschätzendes Grundproblem der Alchemie ist, dass mittelalterliche Schriften sehr reich an falschen Zuschreibungen waren. Um sich selbst und ihre Werke zu schützen, oder auch um deren Bedeutung zu heben, schrieben Alchemisten ihre Texte oft anderen namhaften Persönlichkeiten zu. Auch die Kirche war daran nicht ganz unbeteiligt. Gestützt auf das Edikt von 1317, in welchem Pabst Johannes XXII die Alchemie verboten hatte, wurden Alchemisten als Betrüger angeprangert und sogar verfolgt. Das führte z. B. dazu, dass zahlreiche Texte auch von Autoren geschrieben wurden, die sich hinter Pseudonymen verbargen, die oft schwer und manchmal überhaupt nicht zu enträtseln waren. Viele Alchemisten waren bedeutende Chemiker und Naturforscher, die äußerst exakt gearbeitet haben. Es war ihnen möglich, auch komplexe Experimente mit Genauigkeit und Sorgfalt durchzuführen.

Die Labortätigkeit vieler Alchemisten war geprägt durch systematisches Arbeiten. Alchemie ist keine Buchwissenschaft. Ihre Erfolge liegen im Experiment. Um ihre Beobachtungen in Experimenten zu erklären haben die Alchemisten Hypothesen und Theorien entwickelt, die immer wieder verändert und angepasst werden mussten. Wir verdanken der Alchemie unter anderem die (Wieder-)Erfindung des Porzellans, des Schwarzpulvers und des Rubinglases, die Reindarstellung des Alkohols, die Entdeckung verschiedener Farb-, Gerb- und Arzneistoffe, Kenntnisse über Säuren, Salz, Laugen sowie chemische Verfahren, z.B. Destillation, Sublimation, Calcination (Oxidation) und Reduktion. Die wichtigste Laboroperation der Alchemie war die Destillation. Die Retorte ist ein schon im Mittelalter verwendetes einfaches Destilliergefäß. Retorten sind eng verwandt mit dem Alambic und gehörten zu den wichtigsten Gefäßen der Alchemisten. Bereits im 8. Jahrhundert nutzten die Araber den Alambic. Das war ein Gefäß, das für die Destillation unverzichtbar war. Die Geschichte des Alambics beginnt aber mit der mesopotamischen Kultur. In Tepe Gawra, im oberen Tigris-Tal 20 km östlich von Mosul (heute Irak) gelegen, wurden Bruchstücke eines primitiven, ca. auf das 2. Jahrhundert v. Chr. zurückgehenden Alambics gefunden, während ein weiterer in einem dem heutigen Pakistan entsprechenden Gebiet gefunden wurde und ebenfalls auf das 2. Jahrhundert v. Chr. zu datieren ist. Die mesopotamische Kultur kannte die Kunst der Destillation, jedoch wird der erste historisch bekannte Alambic in einer in der Biblioteca Marciana in Venedig verwahrten Handschrift erwähnt. Einige Autoren halten aber Cleopatra die Alchemistin (3. Jahrhundert) für die Erfinderin des Destillationsapparats Alambic. Ein weiteres antikes Destillationsinstrument war der wegen seiner auffallenden Ähnlichkeit mit dem gleichnamigen Vogel unter dem Namen Pelikan bekannte Alambic. Der Pelikan war ein dicht verschlossenes Doppel-bauchiges Gefäß; im unteren Teil wurde die Flüssigkeit erhitzt, der Dampf stieg auf, kondensierte im oberen Teil und wurde durch die zwei für den Pelikan typischen seitlichen Rohre wieder nach unten geleitet, womit eine rotierende Destillation in Gang gebracht wurde. Beispiel: 

H₂O * Wärme * x-Rot = D₂O (²H₂O) = D₂O (²H₂O) * Wärme * x-Rot = HTO (³H₂O)

Aus den Schriften aller Alchemisten geht hervor, dass für das große Werk eine besondere Flüssigkeit, das auflösende Wasser (AZOTH) benötigt wird, die geheim gehalten wurde. Diese Flüssigkeit wurde von verschiedenen Alchemisten gleichwohl in ihren Werken allgemein nach ihrem Aussehen, ihren Eigenschaften genannt und gleichnisweise umschrieben. Es ist eine Flüssigkeit, die in der Natur unrein und vermischt vorkommt und daher erst gereinigt werden muss. Hierbei handelt es sich um einen chemischen Reinigungsvorgang. Dieser Vorgang wurde von den Alchemisten philosophische Destillation genannt, doch ist er weniger schwierig wie langwierig. Mancher Alchemist hat nach eigenem Geständnis mehrere Jahre gebraucht, bis ihm die Bereitung des auflösenden Wassers in ausreichender Menge gelang.

Das AZOTH, in der alchemistischen Literatur fälschlicherweise auch Alkahest genannt, (der Alkahest war angeblich ein alles auflösendes Lösungsmittel), wird benötigt, um die Trennung der Elementarstoffe, Mercurius, Sulphur und Sal zu bewirken. Der deutsche Alchemist Johann Kunckel (* 1634; † 1703), der später auch an der Möglichkeit der Goldherstellung aus unedlen Metallen zweifelte, lehnte z.B. die Möglichkeit der Gewinnung eines Alkahests, eines alles auflösenden Lösungsmittels mit folgenden Worten ab, Zitat: »Wenn es einen alkahest gibt, wie haben ihn denn die Besitzer desselben aufbewahrt?« Das Alkahest müsste ja das Aufbewahrungsgefäß auflösen". Kunckel ging von einer falschen Definition aus, daher ist auch seine Schlussfolgerung falsch. Das AZOTH von den Alchemisten auch ihr lebendig machendes Wasser genannt, ist kein alles auflösendes Lösungsmittel, sondern eine geheim gehaltene flüssige Substanz, die benötigt wurde um die Quintessenz, den Mercurius Philosophorum herzustellen, die von der Materie gelöste reine Ursubstanz, die Vorstufe zum sagenhaften Stein der Weisen. Der "Mercurius Philosophorum" ist die eigentliche Materia prima des Steins der Weisen. Wie die Alchemisten sagten: "In mercurio est, quidquid quaerunt sapientes": Im Mercurius findet sich alles, was wir suchen. In unserem Werk, so versichern sie, genügt der Mercurius allein.

Echte Alchemisten, sogenannte Adepten hingegen hat es insgesamt wohl nur wenige gegeben. Einer der bekanntesten, aber bis heute nicht eindeutig identifizierter Alchemist, den viele für noch größer als Dschābir ibn Hayyān (lateinisiert Geber), Arnaldus de Villanova und Raimondo Lullo (deutsch: Raimundo Lullus) hielten, war Basilius Valentinus ein bisher aber nicht eindeutig identifizierter deutschsprachiger Benediktinermönch, der im Jahre 1413 im St. Peterskloster (Fertigstellung 1147) zu Erfurt gelebt haben soll. Das eben dieser Basilius Valentinus im Kloster als Arzt gewirkt haben soll, wurde durch den Geschichtsschreiber J. M. Gudenus in seiner Geschichte der Stadt Erfurt „Historia Erfordiensis (1675)“ so bestätigt. Spätere Nachforschungen eines Just. J. Ch. Motschmann ergaben, dass in den Ordensmatrikeln der Benediktiner kein B. Valentinus erwähnt ist (Erfordia Literata, 1729 – 32). In den Ordensmatrikeln werden alle Daten, hinsichtlich Name und Verleihungsdatum der mit einem Orden Beliehenen, archiviert. Die Ergebnisse von Motschmann müssen jedoch relativiert gesehen werden, denn möglicherweise hat B. Valentinus nie einen Orden erhalten, sodass er in den Ordensmatrikeln der Benediktiner auch keine Erwähnung fand. Was die eigentliche Alchemie betrifft, so bekennt sich Valentinus ausdrücklich dazu, dass er den Stein der Weisen selbst bereitet hat. Der Legende nach soll er diesen im Peterskloster verborgen haben. Das ältere Kloster aus dem Jahr 1060 wurde bei einem Stadtbrand 1080 völlig zerstört. Der Neubau von 1103 bzw. von 1127 ist aber noch weitestgehend vorhanden. Die Herstellung des Steins beschreibt Basilius Valentinus in seinem Werk „Chymische Schriften“ aus dem Jahr 1677: „Zwölff Schlüssel, Fratris Basilii Valentini, Ordinis Benedictini“. Dadurch die Thüren zu dem uhralten Stein unser Vorfahren eröffnet / und der unerforschliche Brunnen aller Gesundheit erfunden wird“. Er muss aber zunächst nur im geheimen als Alchemist gewirkt und geschrieben haben, denn sein Werk war erst ab 1599 allgemein verfügbar. Heute nimmt die Mehrheit der Forscher an, dass der deutsche Alchemist Johann Thölde (* um 1565 - † um 1614), der zwischen 1599 und 1604 die ersten Basilius-Schriften veröffentlichte, ihr eigentlicher Autor oder wenigstens Kompilator war. Diese These wird aber von anderen Forschern bestritten. Die Schriften des B. Valentinus beweisen jedenfalls große Erfahrung in der Chemie. Er entdeckte die Salzsäure, das Ammoniak, das Goldoxidammoniak (Knallgold) und das Königswasser (eine Mischung aus Salpeter- und Salzsäure). Ein Alchemist, der nach eigenen Angaben den Stein der Weisen gefunden haben will, war Bernhardus Trevisanus ein alchemistischer Autor des 15. Jahrhunderts. Nach eigenen Angaben hatte er sich ab dem vierzehnten Lebensjahr mit der Alchemie beschäftigt, zunächst mit den Schriften bekannter Alchemisten wie Geber, Rhazes, Albertus Magnus und Johannes de Rupescissa. Da er damit keinen Erfolg hatte, begab er sich ab 1452 auf Reisen in ganz Europa und dem Orient (Ägypten, Palästina, Persien), um auf diese Weise von Alchemisten zu lernen. 1472 kam er nach Rhodos, wo ihn ein seiner Familie bekannter Kaufmann finanziell unterstützte. Dort begann er mithilfe eines Priesters erneut alchemistisch zu experimentieren. Nach zwei Jahren Arbeit will er 1481 dann den Stein der Weisen gefunden haben.

Der deutsche Wissenschaftshistoriker Karl Christoph Schmieder nennt in seinem 1832 veröffentlichtem Hauptwerk „Geschichte der Alchemie“ nur fünf erfolgreiche Alchemisten: Alexander Seton, Eugenius Philalethes, Heinrich Wagnereck, Laskaris, Sehfeld. Schmieder selbst glaubte auch an die Transmutation unedler in edle Metalle in der Alchemie. Wagnereck und Sehfeld zählen nach Meinung anderer Forscher und Historiker zu den Goldmachern und mehr oder weniger betrügerischen Alchemisten. Der deutsche Alchemist Heinrich Wagnereck († 1683) behauptete unedle Metalle in Gold verwandeln zu können. Den Berichten nach, soll er erfolgreiche Transmutationen in den Jahren 1680 bis 1683 durchgeführt haben, z. B. im Jahr 1680 vor großem Publikum in Prag sowie 1682 in Frankfurt am Main. Friedrich Sehfeld, ein österreichischer Alchemist des 18. Jahrhunderts, über dessen Vorleben nicht viel bekannt ist, soll nicht nur im Besitz des Projektionspulvers gewesen sein, sondern auch die Kenntnis von dessen Herstellung gehabt haben. Sehfeld taucht erstmalig im Jahr 1745 in Bad Rodaun bei Wien auf und transmutierte dort 1 Pfund (0,45 kg) Zinn in Gold, welches dann verkauft wurde. Solche Metallumwandlungen wiederholte er danach noch mehrmals. Sehfeld nahm grundsätzlich Zinn für seine Transmutationen. Sobald das Zinn geschmolzen war, streute er ein rotes Pulver darauf. Das Metall fing sodann an zu schäumen und Blasen zuwerfen. Nach einer Viertelstunde setzte sich alles und die Masse war zu reinem Gold geworden. Eine weitere Transmutation führte er Jahre später in Amsterdam durch. Diesmal verwandelte er zwei Lot Blei in Gold. Eine weitere Transmutation gelang ihm in Halle. Er verwandelte Silber in Gold. Inwieweit hier historische Wahrheit oder Legende vorliegt, mag der geneigte Leser selbst entscheiden. Die Tatsache, dass das von Sehfeld erzeugte Gold in allen Fällen von sachverständigen Goldschmieden für echt erklärt worden ist, zeigt, dass Sehfeld kein Scharlatan, sondern ein wahrer Alchemist gewesen ist. Sein Projektionspulver verwandelte jedes Mal das gesamte Ausgangsmaterial in Gold, das heißt, es handelt sich in allen Fällen um vollständige Transmutationen, wie dies entsprechende Berichte auch bezeugen.

Im Verlauf des 19. Jahrhunderts kamen alchemistische Forschungen weitestgehend zum Erliegen, die Alchemie musste ihrer Tochterwissenschaft, der Chemie, den Platz räumen. Das Wissen über die Herstellung des Steins der Weisen ging verloren. Dennoch gibt es auch heute noch eine geringe Anzahl aktiver und ernsthafter Alchemisten. Einer der letzten großen Alchemisten war zweifelsfrei der deutsche Albert Richard Riedel (* 1911 - † 1984), der sich selbst später Frater Albertus (auch Albertus Spagyricus) nannte. Er ging 1929 in die USA und gründete 1960 die Paracelsus Research Society in Salt Lake City, die 1980 in das Paracelsus College umgewandelt wurde. Riedel war überzeugt, dass Transmutationen auch heute noch vereinzelt stattfinden. 1998 gab er im Verlag Samuel Weiser die „Praxis spagyrica philosophica lapidis philosophorum (oder deutliche und aufrichtige Anweisung, wie der alten Weisen ihr höchstes Geheimniss oder Stein zu verfertigen)“ eines anonymen Autors, erschienen in Leipzig 1711, in deutscher Übersetzung heraus. Riedel lehrte in den USA, Australien und Europa laborantische Alchemie in 14-tägigen Seminaren. Seine Schule wurde nach seinem Tod 1984 geschlossen. Seine Seminare werden in den Gebäuden der Alchemica GmbH in Tollwitz bei Bad Dürrenberg von seinem Nachfolger Dr. Werner Ch. Nawrocki seit 2002 heute noch durchgeführt.

Auch der deutsche Alchemist Alexander v. Bernus (* 1880 † 1965) war davon überzeugt, dass es einzelnen Adepten tatsächlich gelungen sei, den Stein der Weisen herzustellen. Von Alexander v. Bernus besitzt die Badische Landesbibliothek eine bemerkenswerte Alchemie-Sammlung von etwa 580 Drucken und 18 Handschriften. Der Bestand gliedert sich in ca. 30 Titel des 16. Jahrhunderts, 180 Titel des 17. Jahrhunderts, ca. 250 Titel des 18. Jahrhunderts und 31 Titel des 19. Jahrhunderts. Bernus beschäftigte sich ab dem Jahr 1912 mit alchemistischen Studien und gründete 1921 das alchemystisch-spagyrische Laboratorium Stift Neuburg bei Heidelberg. Bekannte Mitstreiter von Alexander von Bernus waren der Naturheilkundige und Chemiker, Conrad Johann Glückselig (*1864 - †1934) und der Theosoph Dr. Rudolf Steiner (*1861 - †1925), beide Anhänger der Spagyrik, eine pharmazeutische und therapeutische Umsetzung der Alchemie. Die Arzneimittelherstellung und Therapie mithilfe alchemistischer Verfahrenstechniken, geht auf Paracelsus, zurück.

 Hauptlehrsätze der Alchemisten:

•  Willst du nun den Spiritum Universalis Magneticus suchen so merke dieses: Er wird auf verschiedene Art gefunden und erhalten: erstens schwebt er in der Luft, zweitens im Tau, Regen, Schnee und Hagel. Am bequemsten bekommt man ihn im Regenwasser… In solchem also ist verborgen der Geist, so da alles schmiedet und gebärt, von welchem alle Dinge ihren Anfang haben und schwebt der Geist hier im Wasser.

• Der Sulphur und das Nitrum sind beide gewaltige Feuer, aber gar große Feinde. Kannst du diese befreunden und alsdann einen metallischen Sulphur durch ihren feurigen Spiritum entzünden, so hast du das Menstruum Universale, den Mercurius Philosophorum, auch Azoth genannt.

• Wer kein Salz hat kann keinen Azoth herstellen. Das ganze Geheimnis besteht im Salz sowie in dessen Auflösung.

•  Der Sulphur der Metalle hat einen eigenen Schwefel, durch welchen er muss gestärkt und entzündet werden, auf dass er das Dominum erhalten möge, welches eher nicht geschehen kann, es weiche denn das Wasser dem Feuer, nämlich der wässrige Mercurius seinem feurigen Schwefel.

• Nimm das feurig Elementum Magicum, welches von zwei Höllischen widerwärtigen Materien, als von Sulphure und Nitrum komponiert ist, mit diesem Höllischen verzehrlichen Feuer fange an dem Ende der Natur an, das ist das Gold, bestreite und kalziniere die sonst unüberwindliche Pforte der Solarischen Festung, so entzündet ein Feuer das andere, nempe, ein Schwefel den anderen, und wenn das geschieht, so dominiert das Elementum Ignis, welches ist das zweite Prinzipium in dem Solarischen Leibe. 

Nam ignis et Azoth Philosophorum tibi sufficiunt

(Denn das Feuer und das Azoth der Philosophen genügen dir)